十三碑亭位于孔廟第六進院落的東西兩門之間，奎文閣后，專為保存封建皇帝御制石碑而建，習稱“御碑亭”，亦即大成門前東西兩側院內。道南8座，道北5座，參差錯落，兩行排列。十三碑亭均為木構，呈正方形，重檐八角，彩繪斗拱。

十三碑亭充分體現了孔子在封建社會的地位，其中金碑亭為孔廟中最早的古建筑。十三碑亭中，矗立著唐、宋、元、明、清各個朝代的各類御碑55方。中金代碑亭2座，約建于金明昌二年至六年的大修工程中，是孔廟現存最古老的建筑；元代碑亭2座，分別建于元大德六年和元至元五年；清代碑亭9座，其中御制碑亭5座，遣官致祭碑亭4座，分別建于康熙、雍正、乾隆年間。