明英宗正統(tǒng)十四年（1449），蒙古瓦剌部首領也先率軍南侵，明英宗在寵宦王振的鼓動挾持下倉促親征。陜西尼姑呂氏途中攔阻皇帝，諫言出師不利。明英宗大怒，令軍士抽打呂尼，率大軍繼續(xù)前行。

雙方軍隊尚未交鋒，王振驚恐畏敵下令班師。撤退途中，王振為炫耀鄉(xiāng)里，企圖攜英宗臨幸其家鄉(xiāng)蔚州。由于行軍路線屢變，終使瓦剌追兵趕至。同年八月，明軍大敗于土木堡，英宗被俘，王振死于亂軍之中。

被囚的明英宗對于勸駕的呂尼思念不已，幻覺中常常見到呂尼在哭訴，有時還送來飯食。后來明英宗被釋放回北京，于天順元年（1457）發(fā)動“奪門之變”，殺于謙、廢代宗，重登帝位，改年號為天順。

明英宗復辟后，感念呂尼護駕之功，下詔敕封其為皇姑，建寺賜額“順天保明寺”，隱含“明保天順”之意，民間俗稱皇姑寺。

皇姑寺第一任住持呂尼確有其人。據(jù)《普度新生救苦寶券》記載，她是陜西省西安府邠州道安里王壽村人，生于洪武二十九年(1396年)。早年云游河南傳教，后來在北京宣揚大乘佛法，普渡眾生。呂尼圓寂后，葬在寺東二里許，當?shù)厮追Q為“老祖墳”。

皇姑寺位于北京市石景山區(qū)西黃村。

《帝京景物略》記載，正殿設有皇姑肉身像，趺坐愁容，頭戴宮廷制作的絲綢繡帽。傳說萬歷初年，未加金飾的皇姑肉身像頭頂還有熱度呢！殿中懸掛著明英宗御筆書寫的敕令三道，廊壁繪制當年北征圖景。

據(jù)記載，皇姑寺占地六頃零七十一畝，均蠲免糧稅，另有皇親內(nèi)宦供給施舍，寺內(nèi)尼姑眾多。明孝宗弘治年間頒布敕令，“凡官員軍民諸色人等，自今以往，毋得侵占田土，毀壞垣宇，以沮壞其教。敢有不遵朕命者，論之以法?！泵魇雷谝欢瘸绲澜?，寺廟多有毀壞，皇姑寺最終也難逃厄運。但受到皇親貴戚蔭護的皇姑寺，毀而不久便重新修建。寺內(nèi)有專人看護，外人很難進入。

清康熙年間，皇姑寺重修，康熙帝認為原來的寺名“保明”太不吉利，有反清復明之意，就下令改名“顯應寺”，不過民間依然稱為皇姑寺。

清光緒九年(1883年)，重加修葺。民國24年（1935年）再次修葺。

解放后，皇姑寺最初改做西黃村小學。1990年代為八大處農(nóng)工商占用，2005年產(chǎn)權歸石景山區(qū)文化委員會，2007年開始大規(guī)模修繕，至2015年已基本恢復中路院落原貌?，F(xiàn)有四進院落，山門一座；第一進為天王殿，鐘鼓二樓；第二進為觀音殿；第三進為呂祖殿；第四進為藥師閣。

2011年3月7日北京市政府公布為第八批文物保護單位。

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